فیلم نگهبانان: بخش دوم ادامه‌ای بر قسمت اول این مجموعه است و داستان را از جایی که در قسمت قبل پایان یافت، پیگیری می‌کند. داستان این سری انیمیشنی در سال 1985 در دنیایی موازی رخ می‌دهد، جایی که قتل شخصیت ادوارد بلیک (معروف به The Comedian) باعث می‌شود گروه قهرمانان قدیمی به رهبری رورشاک از بازنشستگی بازگردند. رورشاک معتقد است که تهدیدی بزرگتر از آنچه در ابتدا تصور می‌شد، قهرمانان سابق را هدف قرار داده است.
در این قسمت، رازهای جدیدی فاش می‌شود و شخصیت‌ها مانند دکتر منهتن، نایت اول و سیلک اسپکتر با چالش‌های اخلاقی و ارتباطات شخصی خود مواجه می‌شوند.