داستان انیمه سریالی پاریا نکسوس در منطقه‌ای به نام  نفیلیوم اتفاق می‌افتد. امپراتوری پاریا نکسوس بوسیله‌ی گروهی از نکرون‌ها که برای سال‌ها در خاموشی به سر می‌بردند، مورد تهاجم قرار می‌گیرد، این مهاجمان بیگانه در آستانه پیروزی در این نبرد هستند. اکنون تنها تعداد کمی از نیروهای امپراتوری باقی‌ مانده که برای مقابله با نکرون‌ها با یکدیگر متحد می‌شوند. اما در این میان زنی جوان به تنهایی سعی می‌کند راهش را از میان ویرانه‌های شهر پیدا کند و از کسانی که آن‌ها را مقصر می‌داند، انتقام بگیرد و…