این سریال وقایع فیلم "کاپیتان مارول" (Captain Marvel) را پی می‌گیرد و داستانی در مورد موجوداتی تغییرشکل‌دهنده به نام اسکرال‌ها روایت می‌کند که سال‌هاست به زمین نفوذ کرده‌اند.
علاوه بر اکشن و هیجان، در "تهاجم مخفی" عناصر درام نیز حضور دارند. این سریال به طور پیوسته به بررسی اخلاقیات، هویت و وفاداری انسان‌ها در مقابل تهدیدات بیگانه می‌پردازد. شخصیت‌ها با تصمیم‌گیری‌های سخت و پیچیده مواجه می‌شوند و باید تصمیم بگیرند که آیا به نفع جامعه یا خودشان عمل کنند.